変異種:変異種は誤りで変異株が正しいのか:変異型や変異ウイルスではダメなのか2021年01月29日 02:41

変異種:変異種は誤りで変異株が正しいのか:変異型や変異ウイルスではダメなのか


分類したり整理したりするのが大の苦手な浮沈子。

妄想に任せて与太ブログを書きなぐるのは得意なんだがな。

(コロナ「変異種」表記やめて 日本感染症学会がマスコミに要望「変異株と呼称すべき」)
https://news.yahoo.co.jp/articles/e9daf250a234f3e3e143bfd388e376fdaab938c1

「これは学術的には誤用となりますので、今後は変異"株"と正しく表記していただきたくお願い申し上げます」

前にも、似たような記事を見た記憶がある。

確かに、ウイルスの分類上は「種」と「株」は異なるレベルにあるので、混同は避けた方がいいかも知れない。

(SARS関連コロナウイルス)
https://ja.wikipedia.org/wiki/SARS%E9%96%A2%E9%80%A3%E3%82%B3%E3%83%AD%E3%83%8A%E3%82%A6%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%B9

「種:SARS関連コロナウイルス
Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus」

ウィキの記述のように、種名は大文字で始まるイタリック体で記述するのが正式のようだ。

で、この種の下に、株名で記述されるのが新型コロナなわけだな。

「SARSコロナウイルス2
(SARS-CoV-2, 2019年型新型コロナウイルス)」

(SARSコロナウイルス2)
https://ja.wikipedia.org/wiki/SARS%E3%82%B3%E3%83%AD%E3%83%8A%E3%82%A6%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%B92

「株:SARSコロナウイルス2
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2」

ちょっと前に流行ったサーズウイルスとは兄弟関係。

マーズウイルスは異なる種となる。

(ウイルスの分類)
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%A6%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%B9%E3%81%AE%E5%88%86%E9%A1%9E

「レルム (realm; -viria)
界 (kingdom; -virae)
門 (phylum; -viricota)
亜門 (subphylum)
綱 (class; -viricetes)
目 (order; -virales)
亜目 (suborder)
科 (family; -viridae)
亜科(subfamily; -virinae)
属 (genus; -virus)
亜属 (subgenus)
種 (species; -virus)
株 (strain)
— 2019年,ICTV」

「ボルティモア分類:
第1群:2本鎖DNAウイルス (dsDNA)
第2群:1本鎖DNAウイルス (ssDNA)
第3群:2本鎖RNAウイルス (dsRNA)
第4群:+鎖RNAウイルス ((+)ssRNA)
第5群:-鎖RNAウイルス ((−)ssRNA)
第6群:1本鎖RNA逆転写ウイルス (ssRNA-RT)
第7群:2本鎖DNA逆転写ウイルス (dsDNA-RT)」

新型コロナウイルスは、第4群に当たる。

「第4群 (Group IV) - 1本鎖RNA +鎖(mRNAとして作用)
・ニドウイルス目 (Nidovirales)
・・コロナウイルス科 (Coronaviridae) ※エンベロープあり
・・・コロナウイルス亜科 (Coronavirinae)
・・・・アルファコロナウイルス属
(略)
・・・・ベータコロナウイルス属
・・・・・ベータコロナウイルス1 (Betacoronavirus 1):種
・・・・・・ヒトコロナウイルスOC43 (Human coronavirus OC43 : HCoV-OC43):株
・・・・・マウスコロナウイルス:種
・・・・・ヒトコロナウイルスHKU1 (Human coronavirus HKU1 : HCoV-HKU1):種
・・・・・SARS関連コロナウイルス (Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus : SARSr-CoV):種
・・・・・・SARSコロナウイルス (Severe acute respiratory syndrome coronavirus : SARS-CoV):株
・・・・・・SARSコロナウイルス2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 : SARS-CoV-2):株
(略)
・・・・・MERSコロナウイルス (Middle East respiratory syndrome coronavirus : MERS-CoV):種
(以下略)」

新型コロナウイルスが株に当たるというが、その中には異なる変異を持ったウイルスが多数あるわけで、これらが従来、変異種と呼ばれていた。

もちろん、「種」ではなく、「株」の中のバリエーションなわけだが、それを変異株と呼んでいいものか。

概念的には、株の亜種(亜株?)みたいなもんだからな。

種の場合には、遺伝子の組み換えが起こって2つの生物種の特徴を併せ持った新しい生物種が誕生することがあれば、変異種として新たな名前が与えられるのに、70パーセントも感染力が増加した変異株に対して新たな名称が与えられないというのもおかしいと感じる。

「新型コロナウイルスのスパイクタンパクにN501Yという特異的な変異が起こり、宿主細胞への感染力が強くなったという性質の変化がありますが、元来もっていた新型コロナウイルスの基本的特性はほとんど引き継がれておりますので、依然として新型コロナウイルスのままですので、変異"株"と呼称すべきです」(日本感染症学会の意見)

新たな株の名称を与える程ではないということか。

まあ、どうでもいいんですが。

こういうことに神経質なN社は、変異ウイルスと表記して、面倒な議論を回避している。

(変異ウイルス 埼玉県の男女3人感染 すでに感染の男性の関係者)
https://www3.nhk.or.jp/news/html/20210128/k10012838101000.html

「イギリスで感染が広がっている変異した新型コロナウイルス」(=英国産変異種:浮沈子的表現)

この他にも、変異型という表現を使っているメディアもある。

そもそも、生物かどうかも怪しいウイルスの世界に、生物の分類法をまねて階層的系統的分類を持ち込んだ時点で、無理がありそうな気もするんだがな(そうなのかあ?)。

ボルチモア分類自体は、遺伝子の保持のパターンと、複製のパターンで分類しているからいいとしても、その下の分類ということになると、似てるか似ていないかというレベルになるしな。

確かに、株と種では、そもそも階層が違うから、変異種が分類学的に正しいと強弁するつもりはない。

ただし、通称されている変異「種」は、そもそも分類学的意味での「種」ではなく、種類の意味だからな。

従来のウイルスとは異なる特徴を持った、従来のウイルスとは区別される存在というわけだ。

その呼称が変異種であれ、変異株であれ、変異型であれ、変異ウイルスであれ、表現の問題なわけだと思うんだがな。

敢えて言えば、ウイルス分類学の専門家以外に混乱を来すことにはならないということだ(大いに混乱してくれ!)。

まあいい。

変異種を変異株と言い換えたところで、差別や偏見がなくなったり、ましてや国民の科学リテラシーが引き上げられることになるとは思えないしな。

「新型ウイルスが発生したかのような用語を用いることは、今後に新しい差別を引き起こす可能性もあります。」(日本感染症学会の意見)

変異種は、従来の新型コロナウイルスとは、明らかに異なる特徴を持ったウイルスとして認識されるべきだろう。

英国産、南ア産、ブラジル産、その他の変異種が注目されているのは、それが、まさに感染性や毒性、ワクチン耐性が異なり、我々の生活に重大な影響を与える「新型ウイルス」だからこそなわけだ。

そのことを分類学上の話に矮小化して、鬼の首でも取ったようにマスコミに物申す姿勢は如何なものか(そういうことかあ?)。

変異が十分小さくて、感染力や毒性、ワクチン耐性などに影響を与えなければ、同じ株として新たな名称を与えることもないだろうし、それはそれで構わないと思う。

しかし、従来と大きく変わった特性を得れば、新たな名称を与えて注意を喚起するのは当然だ。

変異種が、新型ウイルス並みの破壊力を持つ懸念があるからこそ、注目を集めている点は強調しておきたい。

そのことで、偏見が助長されるというのは、分類学上の名称のせいではなく、それこそ正しい知識が徹底的に行きわたっていないせいだからではないのか。

変異種の特性の変化は大したことじゃないと、ウソをついたり誤魔化したりして偏見をなくそうという姿勢こそが問題だと感じる。

学術的に変異種と呼ぶのが適当でないことは分かったが、遺伝子の変異により特性が変化して注意すべきウイルスに変化したことを的確に表現するには、浮沈子的には変異種は悪くない気がする。

変異ウイルスは長いしな。

変異型もちょっとピンとこない。

変異株は、逆に使いたくない気がする(元々、細菌分類学の用語だしな)。

例によって、流されやすい軟弱な性格だし、世の中の多勢が変異株を使い出せば、あっさり乗り換える可能性は高いけどな。

当分の間は、変異種のまま書き続けよう。

べつに、それで不都合はないだろうし、浮沈子のところに学会から要請が来たわけじゃないしな。

大仰に科学リテラシーを振りかざしたり、差別偏見を山車にしたり、事態を矮小化して誤魔化そうとする姿勢も気に入らないからな。

B.1.1.7(英国産)も、501Y.V2(南ア産)も、P1(ブラジル産:感染研は501Y.V3と呼んでるようですが)も、CAL.20C(米国産)も、その他無数の変異種も、蓄積した変異により、感染力や毒性(これは、病原性が正しいかも)、ワクチン耐性が変化し、我々の生活に大きな影響を与える恐れがある「新型ウイルス」のようなもんだ。

もちろん、その出現を招いているのは人間で、ウイルス自体に罪はない。

注目すべきは、淡々と変異を繰り返しつつ、人間の免疫系の選択圧によって、感染に有利な新たな変異を獲得しつつあるウイルスの状況なわけだ。

変異種だろうが変異株だろうが、そんなことに関わっている暇があるなら、是非とも変異の状況を解明して、この閉塞状態を何とかしてもらいたいもんだな・・・。

<以下追加>ーーーーーーーーーー

(感染力高い変異種の病原性「弱いはずがない訳」
インフル研究の第一人者が見るコロナの先行き)
https://toyokeizai.net/articles/-/407734

「ウイルスは変異株の集団で、なかには増えやすい変異ウイルスもいる。」

そりゃ、確かにそうだな・・・。

変異が日常なわけだから、無数の変異株のプールが出来ているわけで、そこに宿主の選択圧が掛かって感染力が強い変異株を抽出していくイメージなわけだ。

「感染性が高いということは、病原性が高いとみていい。人の体内でどんどん増えたら、重症化するのは当然」

これも考えてみれば当たり前の話で、感染性が高くなっても重症化しないなどという報道は、良くて誤報、ハッキリ言えば、ウソ、騙し、誤魔化し、陰謀の類だ(そうなのかあ?)。

「もしかしたら別の臓器、あるいは全身で増えるようなウイルスが優勢になるかもしれない。」

かんべんしてくれ・・・。

「何万年もかけて自然宿主との共生関係ができるのは、選択圧力(変異を促す要素)がなくなってから、の話です。いまの新型コロナウイルスには、当てはまらない。」

万年単位の話なのかあ?。

先日のナショジオの記事を読んだ限りでは、100年くらいでタダの風邪になると思ったんだがな。

まあいい。

「ウイルスは毒素ではないから正しくは「病原性」です。ウイルスの体内増殖に対する人の免疫応答が病気なのですから。」

まあ、これはその通りだが、ここでも「毒」というのは、例えとして使われているわけだがな。

変異「種」と似てなくもない。

この記事を読むと、中間宿主の役割の重要性が分かる。

体内で、異なるウイルスをミックスして、ヒトへの感染性を高め、送り込んでくる役割を果たしているわけだ。

新型コロナの中間宿主は何なのか。

中国におけるWHOの調査で重要な点はそこだろう。

現地調査で全てが明らかになるかどうかは分からない(おそらく、中国当局も、まだ掴んでいないに違いない:未確認)。

「このウイルスの宿主と考えられるコウモリから直接、人に感染したとは思えない。必ず中間宿主がいるはず。」

人獣共通感染症(昔は、人畜共通感染症って言ってたけどな)の専門家から見ると、武漢の海鮮市場発というのはガセネタということになるらしい。

インフルエンザウイルスの場合、消化管経由の方が重症化しやすいのではないかという記述もあるけど、新型コロナについては、今のところそういう知見は公表されていない。

「飛沫感染より胃に入ったほうが重症化するような気がする。」

手洗いは、汚染された手で口や鼻に触れて、その粘膜からの侵入を阻止するのが狙いと理解しているんだがな。

その一方で、糞便からウイルスが検出されていて、下水から感染地区の早期特定を行う話もある。

やれやれ・・・。

ワクチンの役割についても、目からうろこの話が書いてある。

「ウイルスを撲滅できるわけではない。」

無症候性キャリアや、軽症者はワクチンが普及しても発生し続けるということなわけだ(ワクチンは、発症予防効果はあっても、完全な感染予防にはならないから?)。

ワクチンでは、感染の連鎖は止まらないという(そうなのかあ?)。

集団免疫というのは、絵に描いた餅(=食えない!)なわけか・・・。

「ウイルスの特性をよく解析したうえで対策を立てないと、間違った方向に進んでしまう」

まあ、インフルエンザと新型コロナが同じ経路をたどるかどうかは分からない。

高い有効率のワクチンを、一気にうちまくって、さらにマスク手洗い社会的距離政策を徹底すれば、ひょっとして撲滅することも可能なのではないか。

そこに遍在するキーワードは、やはり変異種の存在だろう。

ワクチンによって賦活化されたヒトの免疫系に選択され、更なる感染力(=病原性)とワクチン耐性まで兼ね備えたスーパー変異種が続々と登場する・・・。

そうなる前に感染経路を断ち、流行を終息させられるかどうかがキモだな。

感染症の専門家とやらの予想を、悉くひっくり返して拡大を続ける新型コロナ。

数万年は待てないけど、100年後にただの風邪になる道のりも、相当険しそうだ・・・。

<さらに追加>ーーーーーーーーーー

念のために、主要なメディア(選定基準は、もちろん浮沈子の独断と偏見ですが)で、遺伝子が変異したウイルスに対して、どのような用語を充てているかを見てみた。

記事の内容についてのコメントは控える(ううっ、のどから手が・・・)。

(米で南ア変異種を初確認、渡航歴ない成人2人=サウスカロライナ州)
https://www.asahi.com/international/reuters/CRWKBN29X2OQ.html

「米国で南ア変異種が検出されたのは初めて。」

(東京医科歯科大病院の患者から市中感染未確認のコロナ変異株 国内流行に影響も)
https://mainichi.jp/articles/20210129/k00/00m/040/268000c

「東京医科歯科大は29日、同大病院の入院患者3人から、国内で市中感染が確認されていなかった海外由来の新型コロナウイルス変異株を確認したと発表」

(渡航歴ない3人から英で流行の遺伝子型ウイルス…変異種とは別型、市中感染か)
https://www.yomiuri.co.jp/national/20210129-OYT1T50226/

「英国を中心に海外で流行している遺伝子型のウイルスが見つかったと発表」

「感染力が高まっているとされる英国や南アフリカなどの変異種とは異なる。」

「この型のウイルスが確認されたのは初めて」

(英国型と別の英国系変異ウイルス 東京医歯大入院の3人、市中感染か)
https://www.sankei.com/life/news/210129/lif2101290051-n1.html

「現在問題となっている英国型などの変異とは異なる海外由来の変異したウイルスが検出されたと発表」

「同大は「現在の日本国内流行株の変遷に影響を及ぼす可能性がある」としている。」

(変異種感染、4人は静岡・東部保健所管内 知事、居住地域を公表)
https://www.sankei.com/life/news/210129/lif2101290065-n1.html

「新型コロナウイルスの変異種への感染者の居住地域公表」

(米ファイザーのワクチン、英国や南ア変異種にも有効)
https://www.nikkei.com/article/DGXZQOGN28ETX0Y1A120C2000000/

「英国型、南ア型、双方に共通するタイプの、計3種類の変異種に対するワクチンの効果を調べた。」

「すべての変異種に対して予防効果が確認されたものの、南ア型はわずかに効果が低くなったという。」

(変異ウイルス 都内女性が感染)
https://www3.nhk.or.jp/shutoken-news/20210129/1000059661.html

「イギリスで感染が広がっている変異した新型コロナウイルスに、海外に滞在歴がない都内の女性が感染していることが新たに分かりました。」

「国立感染症研究所で検体を調べた結果、イギリスで感染が広がっている変異ウイルスが検出されました。」

(米ノヴァヴァックスのワクチン、89%の予防効果 変異株に有効性=英治験)
https://www.bbc.com/japanese/55851132

「BBCのファーガス・ウォルシュ医療担当編集長によると、イギリスで見つかった新型ウイルス変異株への有効性を示したのは、ノヴァヴァックスのワクチンが初めて。」

(世界のコロナ死者、1日で1万8000人超 過去最多)
https://www.afpbb.com/articles/-/3328818

「英国で最初に確認された従来株よりも感染力が強い変異株は、現在70の国と地域に広がっており、南アフリカで最初に確認された変異株は、31の国と地域で確認されている。」

(変異種にも効果 ファイザー製ワクチン)
https://www.jiji.com/jc/article?k=2021012900297&g=int

「英国と南アフリカで確認されたウイルス変異種への効果を示した」

「変異種に対処するための新たなワクチンの必要性を示しているわけではない」

引用はここまで。

一応まとめておく。

・朝日新聞:変異種
・毎日新聞:変異株
・読売新聞:変異種
・産経新聞:変異種、変異したウイルス、(流行株:発言の引用)
・日本経済新聞:変異種
・NHK:変異ウイルス、変異した新型コロナウイルス(記事内の初出だから?)
・BBC:新型コロナウイルス変異株
・AFP:変異株
・時事通信:変異種

浮沈子が、多少毒を込めて使っている「英国産」「南ア産」「ブラジル産」といった、初期の流行地の表記についても気付いた範囲でまとめておく。

・朝日新聞:南ア変異種
・毎日新聞:海外由来の
・読売新聞:英国を中心に海外で流行している遺伝子型の(初出?)、英国や南アフリカなどの
・産経新聞:英国型、英国系(意味は異なるようです)、海外由来の変異した
・日本経済新聞:英国型、双方に共通するタイプ
・NHK:イギリスで感染が広がっている(初出も再出も同様)
・BBC:イギリスで見つかった
・AFP:英国で最初に確認された
・時事通信:英国と南アフリカで確認された

最近の記事からテキトーに選んで並べただけだが、各社各様という印象だな。

プロの報道では、偏見や誤解を招かないように、細心の注意を払って表現していることが分かる。

変異株を使っているのは、毎日、BBC、AFPと意外に少ない。

通信社でも、時事は変異種だし、浮沈子的には日経が変異種というのは意外だったな。

ナショジオは日経が配信しているのに、変異株と表記している。

(日経ナショナル ジオグラフィック社)
https://natgeo.nikkeibp.co.jp/atcl/topics/17/092900010/092900001/

「2015年4月には日経BP社の持つ株式を日本経済新聞社が取得。」

(次々と見つかる新型コロナ変異株、原因と対策は?)
https://natgeo.nikkeibp.co.jp/atcl/news/20/122500760/

「この変異ウイルス(変異株)は「B.1.1.7」あるいは「501Y.V1」「VUI-202012/01」などと呼ばれている。」

ごく初期の記事だが、記事中の表記は変異ウイルスとなっていて、短縮形として変異株を使っている(表題など)。

先日、このブログでとり上げた記事では、全面的に変異株だったけどな。

(変異種:細かい話はもういい!:100年後の新型コロナはどうなっているのか)
http://kfujito2.asablo.jp/blog/2021/01/28/9341754

(コロナ禍はいつまで続く?:「ただの風邪」になるシナリオの場合)
https://natgeo.nikkeibp.co.jp/atcl/news/21/012600044/?P=3

「また、SARS-CoV-2の新たな変異株によって、ワクチン接種の普及や、マスクの着用、社会的距離の確保といったその他の感染防止対策はより一層重要なものになる。」

この記事では、変異ウイルスという表現は既にない。

日経は、社内の媒体で統一しているわけではないようだな。

週刊誌メディアは今回取り上げなかったが、ニューズウイークは変異種から変異株に切り替え途中のようだ。

(ブラジルの研究所、新型コロナウイルス2種同時感染を初確認)
https://www.newsweekjapan.jp/stories/world/2021/01/2-331.php

「新型コロナウイルスの異なる2種類の株」

「新型コロナウイルスの2株」(記事の標題が「2種」となっている点に注意)

「同時感染によりウイルスが混ざれば、これまでよりも素早い新たな変異株の発生につながる可能性がある」

「変異株(変異種)は感染力を高め、現在開発中のワクチンに耐性を持つリスクをもたらす。」

変異種から変異株への用語の変異を追跡するのも楽しいかも知れない(いみねー・・・)。

まあ、どうでもいいんですが。

表記の問題は、学会の要請を受けて、今後変わるかも知れない。

用語が変わったって、本質的には何も変わらないことだけは確かだな・・・。

<さらにさらに追加>ーーーーーーーーーー

(重要】変異「種」の誤用について(報道機関 各位))
https://www.kansensho.or.jp/modules/news/index.php?content_id=221

「国内の報道においては、変異“種”という表現が一部報道機関で統一して用いられているようですが、これは学術的には誤用となりますので、今後は変異“株”と正しく表記していただきたくお願い申し上げます。」

「新型ウイルスが発生したかのような用語を用いることは、今後に新しい差別を引き起こす可能性もあります。このような場合には、単なる誤“用”ではなく、誤“報”と同じ意味を持ちかねません。」

「国民の科学リテラシーを正しく引き上げるためにも、正しく用語を用いていただければと存じます。」

うーん、一応原典にも目を通したんだが、読めば読むほどイラつくな・・・。

ちなみに、学会は「新型ウイルス」という表現を使っているが、「型」という分類学上の階層はない。

テキトーだな・・・。