kfujitoの徒然（ｂｙ浮沈子）

変異種：おらが町の新型コロナ：隣町の加州で流行るCAL.20C改めB.1.427/B.1.429


新型コロナウイルスの変異は概ね中立であるか、ウイルスにとっては失敗に終わる。

だって、現状で感染が成立してるんだからな。

そこから何かを変えて、ラッキーなことはあまりない（浮沈子は、宝くじは買いません）。

だが、しかし、可もなく不可もなく変異できるか、運が良ければ感染力を増強できるかもしれない（やっぱ、宝くじ買おうかな・・・）。

世界中で複製の度に起こっているかもしれない遺伝子の変異が、淘汰されずに系統として維持されているのは、そして、感染力が増強されて版図を塗り替えるような変異種に化けられるかどうかは、感染宿主としての人間の免疫環境と運次第だ。

当たるも八卦、当たらぬも八卦・・・。

（カリフォルニア州で急速に広がる変異株、重症化率が高い可能性も）
https://www.newsweekjapan.jp/stories/world/2021/02/post-95697_1.php

「新たに特定された変異株はB.1.427とB.1.429。わずかな違いはあるものの、いずれも同じような一連の遺伝子変異を持つ。」

カリフォルニアで流行ってたのは、ＣＡＬ．２０Ｃじゃなかったっけえ？。

（変異種：CAL.20Cが蔓延するカリフォルニア：注目のL452R変異は感染力アップか：ワクチンへの影響は不明）
http://kfujito2.asablo.jp/blog/2021/01/22/9340120

「研究者は、亜種がカリフォルニアで発生し、ロサンゼルスの研究者によって先週テストされたサンプルの半分以上に現れたことを発見しました。」

前回取り上げてから１か月余り。

新しい変異種が出たんだろうか？。

調べてみると、両者は同じもののようだ。

（カリフォルニアCOVID-19バリアントについて知っておくべきこと）
https://www.huffpost.com/entry/california-covid-variant-strain_l_60368cc5c5b69253191aa143

「B.1.427 / B.1.429またはCAL.20Cとして知られるこの菌株は、今年初めに2つの別々の研究チームによって発見されました。」

「研究者たちは、カリフォルニアで見つかったCOVID-19変異体について警鐘を鳴らしており、新たな証拠は、それがより致命的で、より伝染性があり、ワクチンに対してより耐性がある可能性があることを示していると警告しています。」

まあ、研究費の増額を狙うなら、ヤバい変異種が出てきたと叫ぶのが得策だ（そうなのかあ？）。

「悪魔はすでにここにいる」

なかなかいいキャッチコピーだな。

研究は初期段階で、確認された重症症例数は少ない。

初出のＮＷの記事でも、一部の専門家は懐疑的だ。

「地域的にはほかの株より急速に広がっているとみて間違いなさそうだが、B.1.1.7級に感染性が高いことを示すエビデンスはない」

「私が査読者なら、これほど挑発的な主張をするからには、より多くの感染者のより多くのデータが必要だと指摘するだろう」

「メディアが広く伝える価値がある。だが、これだけで要警戒に分類するのは無理がある」

厳しいな・・・。

カリフォルニアの新規感染者は、ピーク時の１割以下だ。

ワクチンの供給も始まり、状況の推移を見守るというのは一つのスタンスだろう。

一方で、遺伝子解析の態勢が英国に比べて貧弱であることも事実のようだ。

宝くじに当たって、一定の勢力を確保しつつある変異種には、それなりの意味がある。

浮沈子的に注目しているのは、英国株の蔓延が加州で見られず、この新株が広がっていることだな（そういう意味では、チョイヤバかも）。

いずれにしても、大騒ぎになるほどではないのかも知れない。

ＮＷの締めの言葉は、現時点では適切かもしれない。

「アメリカではワクチン接種のペースが加速しているが、次々に出現する変異株からは目が離せない。」

＜以下追加＞ーーーーーーーーーー

（米 東部西部それぞれで新たな変異ウイルス CDC監視態勢 強化）
https://www3.nhk.or.jp/news/html/20210226/k10012886761000.html

「東部ニューヨーク市で、これまでとは別の変異した新型コロナウイルスの感染が増えているとする研究が相次いで報じられたほか、西部カリフォルニア州でも別の変異ウイルスの感染が増えていると報じられていて、CDC＝疾病対策センターは監視態勢を強化」

NYでも変異種が出ているようだ（未調査）。

米国では、NY、ＴＸ、ＦＬ、ＣＡで感染が高い水準で継続している。

それぞれの州で新規確認感染者が１万人を超えることは無くなってきたが、それでも数千人規模で続いているからな。

変異種の出現を招いたとしても不思議はない。

米国は、感染規模に対して遺伝子解析が少ないといわれているから、変異種への対応が遅れる懸念が高い。

「すべての変異ウイルスが公衆衛生上の懸念になるわけではない」

そうはいっても、流行の縮小期に従来株を置き換える程度に流行してくるということは、あらたな拡大の懸念としては十分だろう。

それが、地域的な広がりを見せるかどうかは、感染防御策というか、人間側の要素が大きい。

「CDCは2億ドル、210億円余りを投じて態勢を強化し、変異ウイルスの監視を続ける」

まあ、順当かな・・・。

＜さらに追加＞ーーーーーーーーーー

（米ＮＹ市で新たな変異株広がる、南ア型と類似点　研究者が報告）
https://jp.reuters.com/article/health-coronavirus-variants-new-york-idJPKBN2AP08N

「新たな変異株「B.1.526」は最初、１１月にニューヨークで採取した検体から検出され、２月半ばまでに感染者の約１２％を占めるようになったという。」

浮沈子が加州の記事を読んで気になっているのと、同じことが書かれている。

「南ア型やブラジル型の変異株の罹患率は高くなかった。」

「その代わり、この地元発生型変異株の感染者数が多かった」

何か、きな臭いことが起こっている気がする。

地元優勢株があるということは、そこには何か従来の感染因子とは異なる要素が存在することを示唆している。

単に、ウイルスの変異が起こっただけとは言えない何か・・・。

NYもCAも、既に従来株によって多くの感染者を出している。

ひょっとして、再感染？。

感染者の半数程度が無症候性キャリアであることを考えれば、当然あり得る話だ。

従来株の感染により、無症状や軽症で推移した感染者の体内で作られた抗体が、地元発生の変異種と相互作用している・・・。

ADEとは異なるかもしれないけど、細胞侵入性を賦活する可能性はある。

CAとNYという、米国の異なる地域で確認されているという点が余計気になる。

今、世界中で従来株を基に開発されたワクチンが、競うように接種され続けている。

ワクチンによって産生される抗体は、従来株に最適化されたものだ。

そこに、新たな変異種が感染したらどうなるのか・・・。

ヤバいな・・・。

ヤバ過ぎ！。

うーん、今夜の妄想は激しい・・・。

＜さらにさらに追加＞ーーーーーーーーーー

NYの変異種について、プレプリントの原論文を見つけたのでリンクを貼っておく。

（スパイク変異の風景を照会するために作成されたソフトウェアユーティリティによって検出されたニューヨーク地域で出現するSARS-CoV-2系統B.1.526）
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.14.431043v2

「PJBは、コロナウイルス免疫原としてモザイクナノ粒子を使用するためのカリフォルニア工科大学からの暫定的なアプリケーションの共同発明者です。」

「ニューヨーク地域のウイルス分離株の新たな系統を検出しました。この系統（現在はB.1.526と指定されている）で最も一般的なスパイク変異のセットは、L5F、T95I、D253G、E484KまたはS477N、D614G、およびA701Vです。」

（ニューヨークで特定された新しいSARS-CoV-2の懸念の変種、B.1.526）
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.23.21252259v1

「この研究に利用された生物試料は、助成金番号UL1TR001873を通じて資金提供されたコロンビア大学臨床およびトランスレーショナルサイエンス賞（CTSA）の本拠地であるアーヴィング臨床トランスレーショナルリサーチ研究所の支援を受けたコロンビア大学バイオバンク（CUB）から入手しました。」

「ニューヨーク市の患者集団におけるこれらの新規変異体を調査するために、PCRアッセイは、E484KとN501Yの2つのシグネチャー変異を持つウイルスを特定するように設計されました。」

「データベース内の配列の系統発生分析は、このB.1.526バリアントが米国北東部に散在している」

グーグル検索してヒットしたのはもう一つある。

（南アメリカでのスパイクE484K変異を伴う新しいSARS-CoV-2変異体B.1.526の検出）
https://www.researchsquare.com/article/rs-248965/v1

「米国から赤道に移動した個人と、感染した最も近い接触者の1人から得られました。」

南米での発生でない点に注目だが、地域的偏在が一時的なもので、他の変異種と同様に時間の推移（と人間の移動）とともに拡散していく可能性を示唆している。

再感染とは限らないわけだな。

眠れぬ夜を過ごしたが、少しは気分が晴れた気がする。